В соответствии с Законом Республики Казахстан от 19 января 2011 года «О статусе «Назарбаев Университет», «Назарбаев Интеллектуальные школы» и «Назарбаев Фонд» органами управления Университета являются:
Назарбаев Интелектуальные Школы
Попечительский Совет
Исполнительный Орган
Назарбаев Университет
Попечительский Совет
Исполнительный Орган
Назарбаев Фонд
Попечительский Совет
Исполнительный Орган
В компетенцию Высшего попечительского совета входит: утверждение стратегии развития, уставов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; порядка распоряжения имуществом; формирование Попечительских советов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; реорганизация или ликвидация Университета, Интеллектуальных школ и Фонда.
Органом управления Университета, осуществляющим общее руководство деятельностью, является Попечительский совет Университета. В компетенцию Попечительского совета входит: утверждение годовых и среднесрочных бюджетов; определение количественного состава исполнительного органа Университета, избрание их руководителей и членов, а также досрочное прекращение их полномочий; утверждение правил закупок товаров, работ, услуг; иные полномочия в соответствии с уставом Университета.
Управляющий совет Университета является коллегиальным исполнительным органом Университета, который осуществляет руководство текущей деятельностью Университета. Управляющий совет организует исполнение решений Высшего попечительского совета и Попечительского совета Университета, подотчетен Попечительскому совету и несет ответственность перед ними за выполнение возложенных на него обязанностей.
Президент АОО «Назарбаев Университет»
Провост (вакантная позиция - временно исполняющий обязанности до назначения провоста на постоянную должность)
Исполнительный Вице-президент
Вице-президент по медицине – Декан Школы медицины
Вице-президент
Вице-президент
Вице-президент
Вакар Ахмад
Президент НУ
Лоретта О’ Донелл
Временно исполняющий обязанности провоста (до назначения провоста на постоянную должность)
Саринжипов Аслан
Исполнительный Вице-президент
Пиньятелли Массимо
Вице-президент по медицине – Декан Школы медицины
Даирова Кадиша Нурдульдиновна
Вице-президент
Билялов Дархан
Вице-президент
Увалиева Асель
Вице-президент